Trong thời đại chia rẽ và bạo lực, chủ nghĩa bi quan sâu sắc gia tăng sự hấp dẫn muốn tìm kiếm sự giải thoát. Kamakura là thời đại phổ cập Phật giáo trong dân chúng. Hai tông phái mới Jōdo-shū và Zen, thống trị thời kỳ này. Các tu viện trên núi Hiei đã trở thành các quyền lực chính trị nhưng hấp dẫn chủ yếu những người có học vấn một cách hệ thống về các lời huấn thị của tông phái, trong khi phái Shingon và những lễ nghi bí truyền tiếp tục được các gia đình quý tộc ở Kyoto ủng hộ rộng rãi. Trong thời kỳ này, một số lớn các nhà sư rời bỏ phái Tendai để sáng lập một phái Phật giáo riêng của mình, bao gồm:

• Pháp Nhiên (1133–1212), người sáng lập Trường phái Tịnh độ Nhật Bản hay Jōdo-shū.
• Thân Loan (1173–1263), học trò của Pháp Nhiên và là người sáng lập phái Tịnh độ chân tông (Jōdo Shinshū).
• Nhất Biến (1239–1289), người sáng lập phái Ji, nhấn mạnh vào sự tận tâm với A Di Đà qua những điệu nhảy cuồng nhiệt.
• Đạo Nguyên Hi Huyền (1200–1253), người sáng lập phái Tào Động tông, hay phái "tiệm ngộ" của Thiền tông.
• Minh Am Vĩnh Tây (1141–1215), người sáng lập phái Lâm Tế tông, hay phái "đốn ngộ" của Thiền tông.
• Nhật Liên (1222–1282), người sáng lập phái phái Nhật Liên, nhấn mạnh về sự hiến dâng cho chính Kinh Diệu Pháp Liên Hoa.

Các tông phải Phật giáo cũ như Chân Ngôn Tông, Thiên Thai tông và các trường phái đầu thời Nara tiếp tục hưng vượng trong suốt thời Kamakura, và thậm chí còn tiến hành những phương pháp để hồi sinh. Tuy vậy, với số lượng trường phái mới thời Kamakura ngày càng tăng, các trường phái cũ bị các trường phái mới hơn che lấp vì chúng có được những người tin theo từ chính quyền Kamakura, và các samurai của nó.